二甲双胍的副作用主要发生在肠道中，有 20%-30%的病人会出现不良反应，包括食欲下降、口腔中有金属的味道、恶心、腹痛、腹胀、腹泻等。经过一段时间的治疗后，这些不良反应通常会自行减弱。如果从低剂量开始逐渐增加剂量，或选择在进餐或进食后服药，可以减轻上述症状。二甲双胍导致乳酸性酸中毒少见，但在肝肾功能不全、心力衰竭、严重贫血、缺氧状态时，则禁用双胍类药物。